Aqaba se situe au bord de la mer Rouge, opposant la ville Israélienne d’Eilat. Du temps de la Bible il y avaient deux villes à cet endroit: Elath et Etsjon-Guéber. Les Israélites passèrent par cet endroit lors de leurs voyages désertiques (Nom 33:35), and plus tard Moïse les fit passer près d’ici lors de leur détour autour d’Edom (Deut 2:8; voir Nom 21:4). Trois rois de Jérusalem établirent un port dans les environs: Salomon, Jehoshaphat et Azaria (1 Rois 9:26-28; 22:48; 2 Rois 14:22).

Trois kilomètres au nord d’Aqaba se trouve Tell Maquss, un site comportant des vestiges datant de la période Chalcolithique (4e millenium av. JC). Certaines trouvailles indiquent qu’une manufacture secondaire de cuivre était localisée ici. Possiblement le cuivre provenait de mines au nord, peut-être de Feinan/Punon, et était transporté ici pour du travail supplémentaire.

Des vestiges islamiques anciens des périodes d’Umayyade, d’Abbaside et de Fatimide (650-1100) furent découverts à Aqaba. Les excavations révélèrent un misr, une forme distincte d’organisation communale islamique, incluant une mosquée, une résidence de gouverneur, et des maisons. Le misr d’Aqaba fut premièrement construit vers 650 ap. JC. La mosquée montrée ici possède une vaste cour avec des colonnes sur trois côtés.

Selon une inscription trouvée ici, le château de Mamluk fut construit au début du XVIe siècle. Des tours semi-circulaires flanchent l’entrée et le blason de la famille Hachémite se trouve au-dessus de la porte. Deux grandes portes de bois peuvent encore bloquer l’entrée du château.

Durant l’époque Byzantine, Aqaba était connue comme Ayla, et un évêque de cette ville teint part au Concile de Nicée (325). La ville Byzantine se rendit aux musulmans en 630.