L’île de Philae fut complètement submergée lors de la construction du Haut Barrage. Avant ceci les visiteurs pouvaient voir en partie les ruines ressortant de l’eau sur des bateaux à rames. La construction du Haut Barrage nécessita le déménagement des monuments de l’île vers  l’île attenante d’Agilika.

Les plus anciennes structures religieuses de Philae datent de la XXVe Dynastie, le site prenant une ampleur signifiante seulement dans la période gréco-romaine. Le temple dédicacé à la déesse Isis fut particulièrement populaire lors de l’ère romaine lorsque les pèlerins venait de toute part du monde Méditerranéen pour le visiter. L’île se développa en tant que centre de culte jusqu’à sa fermeture par Justinien au VIe siècle.

La colonnade occidentale du Temple de Philae avait 31 colonnes; la colonnade orientale ne fut jamais finie. Le premier pylône (montré à droite) fut construit par Ptolémée XII. Une entrée additionnelle fut construite au travers du pylône sur le côté gauche pour accéder à la maison de naissance. Le second pylône (derrière le premier pylône; hors de vue) fut construit par Ptolémée VIII. Le passage au travers de ce pylône mène à la salle hypostyle et au sanctuaire du temple.

Connu des gens du pays comme étant le “lit de Pharaon,” le Quiosque de Trajan servait à l’origine d’entrée principale depuis la rivière. Les architraves sont supportées par quatorze colonnes; le plafond de bois n’ayant pas survécu. A l’intérieur, l’empereur Trajan est dépeint offrant des dons aux dieux égyptiens.